本人的愚見.
因為我並沒有看完全福音戰士的結尾(拜功課之賜,有一段沒一段的看,啥?結尾了?)
我是先看完動畫版,在去找漫畫來看的,所以最彼給我的印象也許和各位的不同吧!?

1.首先,關於兩種版本所帶給人的差異性的確很大,就像開版memory所舉的例子,
當時我看到那裡的時候(動畫),的確感到兩人真的很幸福,有點像童話中"從此過著幸福快樂的日子"一樣,可是再看到漫畫的時候,那種感覺就像是把人從幻想中拉回現實面一樣,但是反而也有種較為真實,也更有"甘苦後的果實"的感覺.
2.對於結局,也許是因為我顛倒看的關係吧(先看動畫再看漫畫),反而產生出另一種解釋(笑).就單看動畫而言,我完全看不出修次有進入外太空,再加上修次在戰後拼命尋找瞭望台地板上千瀨所留下來的"兩人愛的紀錄"以及看到千瀨為了保護他所放下的那個"翅膀",所以我得到一個結論,
"地球沒有毀滅"
但是千瀨明明說地球已經毀滅了阿,為什麼...我覺得是定義上出了問題,
從動畫前段劇情中可以看到千賴每次毀滅一個城鎮,那個地方的下場就是變成如同沙漠一般,沒有建築物,動物,植物,只有一堆的塵土,其地形為平坦的,而不是向下凹.
假設這是千瀨的能力,然後再把千瀨的威力從"把地球毀滅成塵土"向下修正到"把地球上所有物體毀滅",至於"毀滅"的定義可以是"毫無生物"的死亡星球,就如其他行星一樣.
這樣就可以解釋為什麼修次還可以在地上找到那段紀錄以及看到並觸碰導致千瀨的"翅膀"化為塵土,也更可以多出許多生存的希望,因為千瀨是把地表上的東西所摧毀掉,可是並沒有把地表下的東西毀掉,我們更可以藉此假設有人躲在地下室逃過一劫,或是修次可以從一些地下室中找到食物,水,種子等...
至於如果捨棄上一段的假設,則可以說整個地球只剩下修次一個人,他想千瀨想瘋了而出現幻覺...我會這麼說的原因在於,也許並不明顯,但是動畫中的確有一個畫面是修次在和千瀨說話並且做出拍千瀨的動作,可是那裡並沒有任何東西(這個畫面是黑白的),之後則切換到千瀨和修次穿著制服說話(這裡則是彩色的),藉此來說明真實(黑白)和幻覺(彩色),可是最彼如此美麗的愛情故事使我不忍心使用這個結尾,相信也絕對不會有人喜歡這個結尾吧(苦笑)!!
待續.. =0="