LV. 28
GP 344

【情報】一隻隻武肺病毒抓出來:SARS-CoV-2基因組的演化網絡分析論文翻譯 (初版)

樓主 henryvii9 henryvii9
91 -
13/4/2020 17:00 增加懶人包:

武漢肺炎就是武漢肺炎武漢肺炎武漢肺炎
這篇論文就是以基因密碼找出武漢肺炎的足跡, 確認的路徑有以下

武漢  -> 德國 -> 意大利 -> 墨西哥 / 巴西 -> 其他歐洲地區
     |
廣東 ->   加拿大 -> 其他美州地區

本來我都不想自己來的,你們不是有闢謠中心嗎?
但一日三篇美歐起源論看到就想吐
如果再有出現這些五毛文,請用這篇去打他臉再推上去。

請注意,要轉載可以,但請給這篇的原文連結
這是初版並會修改,我也希望生物科的專家幫這篇翻譯修飾
巴友覺得看的辛苦斷句不好也請提點一下

這是劍橋大學指新冠病毒來自美國的原論文
Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes

在我貼上誰他媽看的完的論文前,先把內文重點揪出來

武漢肺炎根據基因突變可分為3種,A、B、C型
演化次序為A -> B -> C

A型起源於武漢,一類比較擅於感染美國人及廣東,另一類比較感染武漢及東亞人。
B型由A型突變而來,原生B型長駐武漢,衍生B型走出中國
C型由B型演化,屬於愛国型病毒,專攻中國以外的華人及歐洲

本來想加一些導讀及個人意見,但翻譯後覺得沒需要了
就他X的武漢肺炎武漢肺炎武漢肺炎,文中說的很清楚吧

翻完之後根本就是五毛亂扣帽子,以後誰說外國聲稱武肺不是來自中國都不用聽

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SARS-CoV-2基因組的演化網絡分析

重要性

這是從世界各地採樣的SARS-CoV-2基因組的演化網絡。 這些基因組是密切相關的,
並且在其人類宿主中處於進化選擇之下,有時具有平行的進化事件,也就是說,
相同的病毒突變出現在兩個不同的人類宿主中。 這使得基於字符的演化網絡,
成為病毒在人類宿主中,重建進化路徑和尋找祖先基因組的首選方法。

演化網絡分析已在大約10,000種不同生物的演化研究中使用,
並且主要用於重建人類的史前種群演化和其他生物的生態進化研究,但在病毒學領域使用較少。

摘要

在對160個完整的人類嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2(SARS-Cov-2)基因組進行的演化網絡分析中,
我們發現了三個主要的分支,它們的氨基酸變化不同,我們將其命名為A,B和C,
其中A是參考蝙蝠的祖先型冠狀病毒。 A和C類型在東亞以外地區(即歐洲人和美國人中)的比例很高。

相比之下,B型是東亞最常見的類型,如果原生的B型未經過突變就不會擴散到東亞以外。
這表明在亞洲以外,人種免疫或環境因素對B型的擴散有抑制效果。

該網絡忠實地跟踪了記錄在案的冠狀病毒病2019(COVID-19)病例的感染途徑,
這表明演化網絡同樣可以成功地用於幫助跟踪未記錄的COVID-19感染源,
然後可以對其進行隔離以防止疾病感染全世界。

背景資料

隨著全球人類線粒體DNA樹狀分析(1)的發布,尋找人類起源似乎邁出了一步。
但是很快發現,樹構建方法並不能促進對數據的明確解釋。
這推動了1990年代初期演化網絡方法的發展,這種方法能夠眾多的樹狀圖形象化加以分析(2,3)。

這種基於線粒體和Y染色體數據的網絡方法使我們能夠重建史前人類的遷移路線(4、5)。
從2003年開始的演化網絡方法在語言史的重建中得到了應用(6)。
現在我們將演化網絡方法應用於病毒學數據,以探索該方法如何有助於理解冠狀病毒的進化。

2020年3月上旬,GISAID數據庫https://www.gisaid.org/)包含了253種


分析結果

周等。 [7]最近報導了一種與蝙蝠密切相關的冠狀病毒,與人類病毒的序列相似性為96.2%。
我們將此蝙蝠病毒定義為原點,導致演化網絡的根放置在我們標記為“A”的世系族群中。

總體而言,該網絡如預期的那樣正在爆發,顯示了原始的病毒基因組與新近變異的子代基因組同時存在。

A型病毒

A的兩個子群以同義突變T29095C來區分。 在T-等位基因亞群中,
有四個中國人(來自中國南方沿海省份廣東省)帶有原始的基因組
而三名日本人和兩名美國病人則有許多突變。 據報導,這些美國患者在疫情中曾居武漢

C-等位基因亞具有相對較長的突變分支,包括來自武漢的五個人,其中兩個代表原始的基因組
以及來自中國和鄰近國家的其他八位東亞人。
值得注意的是,該子集群中將近一半(15/33)類型位於東亞以外地區,主要位於美國和澳大利亞。

就節點類型和從這些節點輻射的突變分支中包含的個體數量而言,兩個分支的網絡節點值得關注。 我們已將這些世系族群標記為B和C。

B型病毒

對於B型,除了19個樣本外,所有樣本都是從武漢(n= 22),中國東部其他地區(n = 31)以及小數在鄰近的亞洲國家(n = 21)中取樣。

在東亞以外地區,在美國和加拿大的病毒基因組中發現了10種B型,墨西哥一種,法國四種,德國兩種,德國和意大利和澳大利亞各一種。

B通過兩個突變從A型衍:同義突變T8782C和非同義突變C28144T,將亮氨酸變為絲氨酸。

關於突變分支長度,B型族群特別值得研究:雖然原生的B型被東亞人獨占(26/26個基因組),
但亞洲以外的每個(19/19)B型基因組都進化出了突變。
這種現像似乎不是由於病毒基因組在中國傳播之前長達一個月的時間滯後和伴隨的突變率所致(數據集S1,補充表2)。

非單一的原始基因組是一種可能性,值得考慮的另一種解釋是,
原始的武漢B型病毒在克服東亞人免疫力及環境因素比較適合,
而要擴散到東亞以外則需要額外突變去克服其他人種的免疫力及環境因素。

C型病毒

C型與其母體B型的區別在於非同義突變G26144T,該突變將甘氨酸轉變為纈氨酸。 在數據上,
C型是主要的歐洲類型(n = 11),在法國,意大利,瑞典和英國以及美國加利福尼亞州和巴西都存在。
中國大陸的樣本並沒有C型,不過在其他亞洲地區,新加坡(n = 5),在香港,台灣和韓國都有發現。

演化地理途徑

演化網絡的其中一種實際應用,是在感染路徑未知且造成公共健康風險的情況下,重建並找出感染路徑。
以下有充分記錄感染史的病例可以作為例證(SI附錄)。

武漢 -> 廣東 ->  加拿大

在另一件案例中,一名來自安大略省的男子從中國中部的武漢前往中國南部的廣東,然後返回加拿大
病倒並於2020年1月27日被確診為2019年冠狀病毒病(COVID-19)。
演化網絡(SI附錄,圖S2)表明,他的病毒基因組是從一個原始建立的節點分支而來的,
在佛山和深圳(均為廣東省)都有衍生的病毒變體,這與他的旅行史相符。

現在,他的病毒基因組在其他感染的北美人(一個加拿大人和兩個加利福尼亞人)找到,
這些人顯然具有共同的病毒淵源。

武漢 -> 德國 -> 意大利 -> 墨西哥

網絡中墨西哥病毒基因組的病例是有記錄的感染,該感染於2020年2月28日在墨西哥的意大利旅行者中被診斷出。
該網絡不僅確認了墨西哥病毒的意大利起源(SI附錄,圖S3),
而且還指出該意大利病毒源自2020127日在Webasto公司工作的一名員工中,
該德國員工遭到他的上海藉同事感染,而上海藉同事的感染源頭則是他從武漢探親的父母。
演化網絡中的10個突變記錄了這個從武漢到墨西哥的病毒之旅,歷時一個月。

意大利 -> 巴西

2020225日,據報導,第一個巴西人是在訪問意大利後感染的,
該網絡算法通過C群中意大利人和他的巴西病毒基因組之間的突變鏈接反映了這種情況(SI附錄,圖S1)。

討論

該病毒網絡是這次流行病爆發的早期快照,如果包含之後的樣本,
演化次序會被隨後的遷移和突變所掩蓋。

至於是否可以通過使用最早的可用採樣基因組作為根去計算演化樹。
如SI附錄及圖S4顯示,於2019年12月24日採樣的第一個病毒基因組已經遠離根類型。

結語

這次病毒突變的基因排序已被世界各地的實驗室和排序儀器所證實,並被認為是可靠的。
網絡中的地區演化模式可能會受到獨特的遷徙歷史,原生病毒的數量和樣本數量影響。
 
然而,考慮到突變型態可能影響疾病的臨床表現和傳播的可能性,
在評估SARS-CoV-2感染臨床病況、流行病學擴散、判斷治療方法以及設計疫苗時,
可以使用此處提供的演化分類來分析此類影響。

分析方法

這部分是驗證作者的實驗,對一般人不太有用,我就不翻譯了,如果動手驗證的應該看的懂英文


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