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RE:【武漢編年史】 2/2 更新 確認具有糞便帶毒天賦 更新英國脫歐

樓主 光山-Kohinoor tcss0612
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【武漢編年史:野史】 無名的發現者

光山的小教室:
人類的基因組長達30億核苷酸,從頭到尾,按照順序定序,是艱鉅的任務。當初預計要花上數十年....
直到有人發明了散彈槍法,把人類基因切成數千萬個小片段,每個片段都可以在幾周內定完。然後用電腦暴力運算,把這些片段拼回去。從此之後,這種切碎再拼回去的方法就成為了定序的標準方法。

後來,有科學家想到,既然我都用電腦暴力破解了,幹嘛局限於一種生物呢?
我吐一坨口水起來,直接把口水裡面所有細菌的基因都切碎,再拼回去。一次就可以知道這人身上有甚麼細菌了,元基因组學就這樣誕生了。

然而,這種拼圖遊戲的正確性,非常仰賴電腦的運算力和資料庫。在甚麼都不知道的狀況下,暴力破解拼圖需要很長的時間,如果事先知道一部分的正確答案,就能提升正確性,加快速度。

給電腦大腸桿菌、人類、貓、狗的基因,在對一坨路邊的大便分析的時候,就能加快判斷的速度,更快知道這是誰拉的屎。

而這個技術隨著電腦運算力和基因資料庫的發達,越來越可靠,拼回去的時間從好幾年,縮短到幾個月,甚至縮短到幾天,甚至可以用於醫學鑑定.......

關於基因定序的所需背景知識,大概就是這樣。以下正文開始





資料來源無可奉告。就當作是阿波羅的神諭吧。所以我放在野史這邊,還請各位請自行判斷真實性。

2019/某日一份樣本,送到了中國的X公司。
X公司的業務範圍是元基因組鑑定,可以從病人的樣本中,拼湊出各種病原體的DNA。

2019/12/B日
無名者打開了電腦開始一天的工作,滑了一下電腦運算結果。發現裡面有個基因拼圖的結果是SARS。這引發了無名者的注意,開了後台調閱資料。其實只有95%相似
無名者決定要深入分析。使用了無名者自己開發的自動比對演算法後,得到了更精確的結果。
該樣本最接近的其實是Bat SARS-like coronavirus,也就是病毒獵人石正麗在蝙蝠洞穴中發現那些病毒。整體相似度是87%,和SARS的相似度則是80.87%。
看來這應該不是SARS,而是一個類似但不一樣的病毒。

由於病毒分類學是非常混亂的科學,無名者只懂得一些基本病毒,無名者只能保守判斷,這至少是一種Bat SARS-like coronavirus的近親。

無名者調閱了Bat SARS-like coronavirus的資料,比對後還是沒找到100%吻合的。
但是卻發現,有兩個資料表現出極高的相似度,舟山蝙蝠病毒,編號Bat-SL-CoVZXC21和Bat-SL-CoVZC45。

有了這些資訊後,無名者再度執行了一次基因拼湊,希望這次可以拼湊出完整的基因碼。

2019/12/C日
經過了電腦一整夜的運算,無名者有了這個病毒的完整基因序列。病人體內有病毒是無庸置的事實了。面對未知的病毒,無名者作了正常人都會做的事情:
把實驗室徹底消毒,銷毀所有樣本,並且和領導報告這起事件的嚴重性。
這搞不好會是下一個嚴重的公共衛生問題,必須盡快處理。


2019/12/D日
由於情事特殊,無名者和公司領導來到了醫院,親自向醫生說明了他們的發現。病人已經被隔離,並受到良好照顧,無名者也把分析的數據上傳到了各資料庫。
病人大概只是被蝙蝠咬了一口,或者被蝙蝠在午餐裡拉屎了吧,無名者心想,希望這件事情可以就這樣落幕......

光山:無名者只是找到了病毒基因,沒有證明病毒和疾病的關係,畢竟他只接收到一份樣本。中國在1/7才正式公布,中國公開時不只有基因資訊,也有病毒照片,也在多個病人上確認。都是為了要查證和複驗。

2019/12/30
李文亮醫生在微信群組中轉傳消息,宣稱華南水果海鮮市場確診了7例SARS,在我們醫院急診科隔離。李文亮醫生展示了一份元基因組學檢驗報告,報告中寫著SARS病毒。
光山:看來應該是某家公司,過於急躁,把初步拼湊的結果直接發表。如果他們有進一步分析就會知道其實只是很類似而已......但哨聲已經吹響。
無名者從朋友那聽到了李文亮醫生的謠言,心想不妙,當天晚上同業的Y公司那邊,給了無名者一份病毒基因資料。
和自己手上的這個病毒完全一樣,他嚇出了一身冷汗【這混帳有傳染性】無名者的第一個想法,看來另一家公司也碰到了相同的病毒。

2019/12/31
武汉市卫健委关于当前我市肺炎疫情的情况通报
近期部分医疗机构发现接诊的多例肺炎病例与华南海鲜城有关联,目前已发现27例病例,其中7例病情严重,其余病例病情稳定可控,有2例病情好转拟于近期出院。
無名者繼害怕又興奮,害怕這個未知的存在可能比沙士還恐怖,興奮在他們靠著元基因組技術,用極快的速度確認了病原體,也隔離了患者。這次,我們有機會在他發芽前就將之摘除!

光山:在疾病爆發初期,對外發表樂觀言論不一定錯,台灣疾管局不也是一直叫大家不用擔心,不用搶口罩? 過度強調引發的混亂可能更加危險。中國在1月前的判斷,壓下病例和基因資料,光山都是可以認同的。然而在1月初期就有人傳人了,中國防疫單位不可能不知道,他們不知道的是嚴重程度和傳染速度,這時候還用那種樂觀調性就非常不優了。

2020/1/W日
無名者發表文章紀錄了這次經過。

2020/2/A日
無名者刪除了文章。

在GISAID的基因資料庫中,最早的一個樣本收集時間是2019/12/24,上傳時間2020/1/11(中國官方第一次公開基因資訊的時間)
編號為BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019
在提供者的欄位寫著:中国医学科学院/北京协和医学院病原生物学研究所。
這是我們人類,第一個發現的病毒樣本。
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