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RE:【武漢編年史】2019-ncov疫情情報整理 1/29 更新杜拜出現首例 更新黃安到杜拜過年

樓主 光山-Kohinoor tcss0612
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1/29幕間劇場:
病毒學家們偷偷討論病毒的生日

以下是病毒學家們在病毒學論壇http://virological.org/上面討論的結果,這些都不是正式發表的研究。
而是病毒學家們非正式,半公開討論的研究進度。這些研究很早就出來了,但是因為是很硬的研究,我多花了一點時間才看完。

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英國科學家Andrew Rambaut 收集了24個公開的基因情報,重建了病毒的演化樹。

這些樣本來自深圳、武漢、珠江、泰國等地。
橫軸代表一個字母/鹼基對的突變,這24個樣本彼此之間只有1~3個字母/鹼基對的突變差異。2019ncov病毒的基因總長3萬個字母/鹼基對,也就是說她們的基因是99.999%~99.997%相似。
咖啡色的泰國樣本和黑色的武漢樣本一致,顯示泰國人應該是被武漢感染的。

基因差異和DNA測定儀的理論出包率接近,這些所謂的"基因差異",可能是測定儀出包的假結果,病毒可能比這個研究推定的還要更相似。

這麼相似就代表病毒一定是新演化出來的,2019ncov是新型的病毒,不是潛伏很久被人類發現的。如果潛伏很久那就應該要累積了基因多樣性才對(例如台灣的狂犬病毒就有基因多樣性,所以不是新出現的,而是潛伏很久的)

這24個樣本,非常接近,有單一的祖先,起源於同一隻病毒。這個最初的病毒,病毒亞當,演化生物學稱她為MRCA/最後共同祖先。

如果病毒跳了多次,應該可以回朔出多個祖先(例如愛滋病就是這樣),目前看來病毒只跳了一次。
也就是動物傳人的事件應該只發生一次,沒有進一步的人/動物互相傳染證據。

我們現在看到的所有2019ncoc病例,全都是MRCA/病毒亞當演化來的。如果我們知道病毒的演化速度,就可以比較現在的病毒和MRCA/病毒亞當之間的差異,借此得出他演化誕生的時間。

不過這篇研究還不知道2019-ncov的演化速度,所以從冠狀病毒的可能速度裡面,挑了兩個數字計算。

計算結果如下:
演化速度率0.001的話 第一個病毒的誕生時間是2019年11月29日
   95%信心區間為2019年11月8日– 2019年12月16日

演化速度率0.0005的話 第一個病毒的誕生時間是2019年10月30日
95%信心區間為       2019年9月18日– 2019年12月4日
突變率單位是substitutions per site per year

光山:這兩個估計都包含了12月初。從病毒演化誕生到觸發人類警報的時間還滿快的,客觀上來說中國這次是有很快發現的。


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美國科學家Kristian_Andersen收集了來自27個不同病人和研究機構公開的基因情報,重建了病毒的演化樹。
這篇研究不是正式研究,只是科學家彼此互相討論的。

這個研究得出一樣的結論,但是用了更加精密的手段,給出了更精密的預估:

研究發布時已經有夠多情報,知道了2019ncov的演化速度,估計的【MRCA/病毒亞當/原初病毒】出現時間,是2019/12月1號,95%信賴區間是 8月20號~12月20號。
演化速度的95%信賴區間是0.000004031~0.00553。這個速度落在RNA病毒的正常範圍內。
估計範圍反而變大是因為上個估計用的演化速度是猜的,這個估計是用真的演化速度估計直算的。

Kristian_Andersen認為原始資料中有好幾個DNA定序錯誤,他們已經盡量把看起來有問題的數據手工挑掉了。


長話短說
演化學家發現2019-ncov基因的突變率和DNA測定儀的錯誤率類似,以為是突變的東西搞不好是DNA測定儀出包。

演化學家覺得這個病毒是在去年8~12月左右演化出來的,只有一個病毒亞當/源初病毒,所有現在看到的病患都是這一個原初病毒的子孫。動物傳染只發生一次(就是病毒亞當傳染給零號病患的那一次)。
這些結論都是用猜的就知道的,不過有精密估計還是比較好。

光山:配合華南市場的數據,最初的41個病患有人沒去過華南市場。病毒不是來自華南市場。
也就是說,病毒亞當應該是在另一個地點誕生,再跑去感染華南市場的。這41人也不是真正的零號病患,而是人類發現的第一批病患。
華南市場頂多是病毒的出道地點,不是她真正的誕生點。
如果找到動物源頭,就可從她身上拿到MRCA/原初病毒,進行更精確的演化速度估計。

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英國的Andrew Rambaut發布了更新版的演化時間估計,用了34份資料。
這次還加入了台灣提供的一份基因資料(高雄  2020/1/24),以及5份美國DNA資料,總共用了34個病人的病毒資料。

這份資料看到了,病毒隨時間累積了越來越多突變,但是其他病毒彼此之間都是1~3個突變。這些變話少到幾乎沒有,我們可以很明確的說,那些甚麼病毒變種的新聞都是屁。

借此估計了更精確的演化速度和原初病毒誕生時間。
最新估計是2019年11月21日95%信心區間2019年10月9日– 2019年12月18日

光山:
挖喔,原來台灣的研究機構已經把台灣病人身上的病毒DNA定序完畢然後上傳到gisaid資料庫了,番號GISAID_EPI_ISL_406031,只有職業人士才能觀看此資料庫

這個新聞完全沒報導呢!光山獨家喔。高雄市,加上資料上傳時間是1/24號,這個樣本八成就是那個台商。

可惜gisaid資料庫只對職業人員開放,也禁止把資料外傳,所以光山看不到。不然我真的很想知道中國有沒有開放了華南海鮮市場的環境DNA資料。

然後大家可以看到科學研究是如何進行的,不斷的收集越來越多的資料,不斷的把先前的結論推翻,改進。

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