遊戲的故事劇情時間點是發生於一代與三代之間，敘述在力丸失蹤後，彩女於鄉田領附近持續打聽情報。在調查的途中，發現忍者們的秘密村落遭人襲擊，而村人在留下「黑屋」的名字後便斷了氣。正當彩女要離開時，遇上一位名為凜的女忍者，凜誤會了彩女是殺害村...（繼續閱讀）